原核轉錄組測序是基于 HiSeq 平臺，構建鏈特異性文庫研究原核生物在某個時期或者在某種環境條件下轉錄出來的所有 mRNA。由于原核生物 mRNA 沒有 polyA 尾結構，需要去除 rRNA 的特點，針對不同的研究物種采取有效的方法去除 rRNA，保證數據質量。


技術流程



樣品要求

1) 樣品類型：去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA；
 
2) 樣品需求量：≥10 μg；
 
3) 樣品濃度：≥250 ng/μl；
 
4) 樣品純度：OD260/280=1.8~2.2；OD260/230=1.8~2.2；

案例解析

案例一：轉錄組研究砷脅迫下腸桿菌科菌系LSJC7轉錄機制[1]

     很多細菌對砷的抗性，主要是由于細菌中ars操縱子的作用，但是，細菌對砷脅迫整體分子機制反應卻研究的不多。在本研究中，對菌系LSJC7在砷脅迫下進行全轉錄組分析發現，參與砷吸收的基因表現下調而使砷在體內減少和流出的基因表現為上調；砷環境下活性氧和一氧化氮代謝被激活，加重了細菌DNA，蛋白質損傷；但是，同時關于DNA，蛋白質修復的nsrR 和 soxRS 轉錄調節基因高表達，從而使細菌可適應高濃度砷環境。

參考文獻

[1]Zhang Y, Chen S, Hao X, et al. Transcriptomic Analysis Reveals Adaptive Responses of an Enterobacteriaceae Strain LSJC7 to Arsenic Exposure. Frontiers in Microbiology. 2016;7:636. doi:10.3389/fmicb.2016.00636.